労働基準監督署がやってくるのは大きく2パターンあります。

（定期監督）

ひとつは定期監督というもので労働基準監督署の年間計画に沿って、任意に摘出された企業の労働条件について調査を行うというものです。

調査の対象は主に

1. 賃金台帳、労働者名簿、出勤簿、タイムカードの整備状況
2. 労働時間が法定内であるのか、時間外労働をさせている場合、36協定は提出されているのか、割増賃金の支払いはされているのか
3. 採用の際に労働条件の明示はされているのか
4. 控除協定なしに給与から控除されているものがないか
5. 定期健康診断はきちんと行っているか
6. 衛生管理者の選任は行っているか
7. 従業員が常時10名以上の場合は就業規則の作成･届出がなされているか

等々がチェックされ、労働基準法の違反が疑われるものに関しては「是正勧告書」が切られ 監督官の指定する期日までに（通常次回の給与支払日以降）是正した結果を「是正報告書」として提出する必要があります。
労働基準監督官は司法警察官でもあるので、悪質であり是正がきちんとなされなかった場合は、送検されることがあります。

（申告監督）

定期監督が監督署の年間計画の一環としてやってくるのに対し、申告監督は従業員や退職した従業員からのいわゆる「タレコミ」で調査にやってくるもので、ある程度情報をつかんだ上で 調査の対象も絞りこんでやってきますので、こちらは厳しいです。

内容としては「賃金不払い残業」「解雇予告手当の未払い」などです。
「賃金不払い残業」の場合は、すでに従業員や退職した従業員が給与明細やタイムカードを監督署に持ち込んでいる場合が多いので、徹底的に調べられます。是正についても賃金の時効である2年にさかのぼって是正を求められます。

申告をするのはやはり退職した従業員が在職中の従業員よりもかなり多いのが特徴です。

普段の労務管理をきちんと行っていればこのような問題は起こらないのですが、他に注意したいことは、従業員が退職するときにもめないこと（逆恨みを買うことがあります）、少しの期間であったとしても会社のために働いてくれたことに対する感謝の気持ちを退職の挨拶の前に他の従業員の前で経営者もしくは、人事権を持つ人間から伝えるということが大事です。